Klintholm I/S ejes af kommunerne Faaborg-Midtfyn, Kerteminde, Nyborg, Svendborg, Langeland og Ærø. Klintholm er et deponerings- og affaldsbehandlingsanlæg.
Den øverste ledelse er bestyrelsen, som består af en kommunalpolitiker fra hver af ejerkommunerne.
Kommunalbestyrelsen udpeger et bestyrelsesmedlem og en stedfortræder.